La Communauté d'Agglomération est présidée par Joël Batteux, Maire de la ville-centre, Saint-Nazaire. Elle est administrée par :

• Joël BATTEUX, Président de la CARENE, prépare et met en œuvre les décisions des deux assemblées délibérantes (délibérations). Il agit également par délégation du Conseil Communautaire sous forme de « décisions du Président » et « arrêtés du Président ».
  
  
• Le Bureau communautaire est formé de 16 Vice-Présidents et du Président , désignés par le Conseil Communautaire. Le Bureau délibère sur des domaines préalablement fixés par le Conseil.
  
  
• le Conseil communautaire, composé de cinquante-sept délégués représentants les dix conseils municipaux des communes de l'agglomération. Il délibère sur les grandes orientations de la CARENE et vote le budget. Le Conseil est l'organe délibérant de base de la CARENE. Pour un fonctionnement plus fluide, il a délégué une partie de ses pouvoirs au Bureau Communautaire, ainsi qu'au Président.

 
Cinq commissions ont été créées : elles sont chargées d'étudier les questions soumises au Conseil :

• la commission des finances composée des dix maires et du 1er Vice-Président
  
• quatre commissions sectorielles correspondant aux grandes priorités de la Communauté : l'aménagement de l'espace, l'habitat et la croissance démographique, le développement et la diversification économique et enfin les grands services publics.
  

Les commissions sont un lieu d'échanges, de débats et de propositions. Elles émettent des avis qu'elles remettent aux assemblées délibérantes avant les votes.

Enfin, une équipe technique resserrée prépare les dossiers et applique les décisions.